Qədim tarixə malik Qarabağ xalçaçılıq sənəti ənənələrinin öyrənilməsi, qorunması və yaşadılması məqsədilə Azərbaycan SSR Mədəniyyət Nazirliyinin 26 sentyabr 1985-ci il tarixli 502 №-li əmrinə əsasən Azərbaycan Xalçası və Xalq-Tətbiqi Sənəti Dövlət Muzeyinin Şuşa filialının əsası qoyulmuşdur. Filial fəaliyyətinə 19 may 1987-ci il tarixindən Mehmandarovlara məxsus XIX əsr abidəsi olan malikanədə başlamışdır.

Şuşa filialında Azərbaycan Xalçası və Xalq-Tətbiqi Sənəti Dövlət Muzeyinin əsas fondundan seçilmiş xovlu və xovsuz xalçalar, xalça məmulatları, bədii tikmə, milli geyim, zərgərlik və bədii metal nümunələri nümayiş olunurdu.

Azərbaycan və Ermənistan arasında baş vermiş hərbi münaqişə 1992-ci ildə filialın öz fəaliyyətini dayandırmasına səbəb oldu. 1992-ci ilin 29 fevral tarixində Şuşa filialının 246 ədəd eksponatından 183-ü (80 ədəd xovlu xalça, 35 ədəd xovsuz xalça və xalça məmulatı, 29 ədəd bədii tikmə və milli geyim, 39 ədəd zərgərlik məmulatı) təxliyə edilərək muzeyin əsas fonduna təhvil verilmişdir.

Hazırda Şuşa filialı öz fəaliyyətini Azərbaycan Milli Xalça Muzeyində davam etdirir.