Azərbaycan Milli Xalça Muzeyi Azərbaycan SSR-nin Nazirlər Sovetinin 13 mart 1967-ci iltarixli 130 nömrəli sərəncamı ilə yaradılmışdır. 1967-1993-cü illərdə Azərbaycan Xalçası və Xalq Tətbiqi Sənəti Dövlət Muzeyi, 1993-2014-cü illərdə Lətif Kərimov adına Azərbaycan Xalçası və Xalq Tətbiqi Sənəti Dövlət Muzeyi, 2014-2019-cu illərdə Azərbaycan Xalça Muzeyi, 2019-cu ildən bu günədək Azərbaycan Milli Xalça Muzeyi adlanır.

Yarandığı dövrdə dünyanın yeganə ixtisaslaşdırılmış xalça muzeyi idi. Azərbaycan xalçasının milli bədii irsin ən önəmli tərkib hissələrindən biri kimi qorunub saxlanılması, əsaslı və hərtərəfli öyrənilərək geniş ictimaiyyətə təqdim edilməsi muzeyin yaradılmasının başlıca məramı olmuşdur.

Muzeyin yaranmasının təşəbbüskarı görkəmli alim və xalçaçı, xalça haqqında elmin banisi, rəssam və pedaqoq, “Azərbaycan xalçası” adlı fundamental əsərin müəllifi Lətif Kərimovdur.

Azərbaycan Xalça Muzeyinin ilk ekspozisiyası 26 aprel 1972-ci ildə İçərişəhərdə yerləşən, XIX əsr memarlıq abidəsi olan Cümə məscidinin binasında açılmışdır. Ekspozisiyanın açılış mərasimində muzey yarandığı gündən böyük dəstəyini əsirgəməyən Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyev iştirak etmişdir. 1970-1980-ci illərdə ümummilli lider Heydər Əliyevin davamlı dəstəyi sayəsində muzey sənətkarlıq nümunələrini almaq və bununla da öz kolleksiyasını genişləndirmək imkanı əldə etdi. Həmin illərdə muzey üçün Azərbaycan xalça sənətinin inciləri alınd.

1992-ci ildə Azərbaycan Xalça Muzeyi Neftçilər prospektində yerləşən Muzey Mərkəzinə (keçmiş Lenin Muzeyi) köçürüldü. 1991-ci ildə SSRİ-nin süqutundan sonra prezident sərəncamına əsasən bina Azərbaycan Respublikasının Mədəniyyət Nazirliyinə verildi və Muzey Mərkəzi adını aldı. Azərbaycanın müxtəlif regionlarından olan xalça və tətbiqi sənət nümunələrini sərgiləyən muzeyin ekspozisiyası binanın ikinci mərtəbəsində yerləşən 13 geniş zalda yerləşirdi.

2007-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyev Azərbaycan Respublikası Mədəniyyət və Turizm Nazirliyi, Heydər Əliyev Fondu və YUNESKO-nun birgə layihəsi çərçivəsində Dənizkənarı Milli Parkda Azərbaycan Xalça Muzeyi üçün yeni binanın tikilməsi barəsində sərəncam imzaladı. 2014-cü ildə avstriyalı memar Frans Yantsın layihəsi əsasında muzey işinin ən müasir tələblərinə cavab verən yeni bina inşa edildi. 

Muzeyin 50 illik fəaliyyəti dövründə bir neçə rəhbəri olmuşdur. 1967-1982-ci illərdə əməkdar incəsənət xadimi Əziz Əliyev, 1982-2016-cı ilin 5 yanvar tarixinə kimi əməkdar mədəniyyət işçisi, sənətşünaslıq üzrə elmlər doktoru, professor Röya Tağıyeva muzeyin direktoru vəzifəsində çalışmışlar. 2 mart 2016-cı il tarixindən muzeyə Azərbaycan Respublikasının Əməkdar mədəniyyət işçisi, sənətşünaslıq üzrə fəlsəfə doktoru Şirin Məlikova rəhbərlik edir.

Muzey sərgilər, beynəlxalq simpoziumlar və konfranslar keçirməklə elmi-tədqiqat, mədəniyyət və təhsil mərkəzinə çevrilmişdir. 50 ildən artıq fəaliyyəti ərzində muzey dünyanın bir çox ölkələrində 30-dan çox sərgi təşkil etmişdir. 1983-cü ildə Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyevin təşəbbüsü və YUNESKO-nun təşkilati dəstəyi ilə Azərbaycan Milli Xalça Muzeyində “Şərq xalça sənəti” mövzusunda birinci beynəlxalq simpozium keçirildi. Azərbaycan Milli Xalça Muzeyinin bilavasitə iştirakı ilə 1988-ci ildə “Azərbaycan xalça sənəti”, 2003-cü ildə “Azərbaycan xalçası və xalq tətbiqi sənəti”, 2007-ci ildə Lətif Kərimovun 100 illik yubileyinə həsr olunmuş “Azərbaycan xalça sənəti” (Paris, YUNESKO-nun Baş qərargahı), 2017-ci ildə isə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin sərəncamına əsasən “Ənənə və innovasiyalar” adlı beynəlxalq simpoziumlar keçirilmişdir.

Muzey əlaqədar beynəlxalq şəbəkələrin fəal iştirakçısıdır. O, Avropa Tekstil Şəbəkəsi (ETN), Avropa Muzey Forumu (EMF), Beynəlxalq Muzeylər Şurası (İCOM), YUNESKO və Təhsil, Elm və Mədəni Əməkdaşlıq üzrə Hökumətlərarası Fond (IFESCCO) ilə sıx əməkdaşlıq edir.

2004-cü ildə muzeyin iştirakı ilə “Azərbaycan xalçasının qorunması və inkişafı” üzrə milli qanun hazırlanıb qəbul edilmişdir. Qanuna əsasən Azərbaycan xalçasının reyestrinin tərtib edilməsi, qorunması və inkişafı istiqamətində dövlət dəstəyinin təminatı, elmi və metodiki kadrların hazırlanması nəzərdə tutulmuşdur.

2010-cu ildə Azərbaycan xalça sənəti Azərbaycanın birinci xanımı, Heydər Əliyev Fondunun prezidenti, YUNESKO və İSESKO-nun xoşməramlı səfiri, millət vəkili Mehriban Əliyevanın dəstəyi ilə YUNESKO-nun “Bəşəriyyətin qeyri-maddi mədəni irs üzrə reprezentativ siyahısı”na daxil edilmişdir. 

Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabinetinin 15 iyul 2019-cu il tarixli qərarı ilə ölkəmizin xalça sənətinin qorunması və təbliği sahəsindəki müstəsna xidmətlərinə görə Azərbaycan Xalça Muzeyinə “Milli” statusu verilmişdir.

Hazırda, ölkənin müasir tikililərindən birində yerləşən Azərbaycan Xalça Muzeyi yalnız sənət nümunələri və milli irsimiz olan xalçaların saxlanc yeri kimi çıxış etmir, həm də milli xalça sənətinin hərtərəfli araşdırılması və xalqımızın bədii incilərinin yüksək səviyyədə təqdimat məkanı olaraq çoxşaxəli fəaliyyət göstərir.